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終結無效RNAi,shRNA黑科技設計理念再次席卷您的試驗田

版權所有,轉載請聯系基因市場部
2019-08-15

RNA干擾是指在進化過程中高度保守的、由雙鏈RNA誘發的、同源mRNA高效特異性降解的現象,是研究基因功能的最佳方法之一。傳統RNAi方法是通過體外制備siRNA,經轉染試劑將siRNAs轉到細胞內,但由于其研究周期短、干擾效率低、無marker標記、有細胞毒性、高通量研究和體內研究受限等原因將逐漸被淘汰,科學工作者們一直在期許一種新的研究工具-shRNA干擾載體。

    冷泉港Gregory Hannon教授團隊在研究高效shRNA序列設計上取得了突破性進展,在進行了大量shRNA干擾序列的篩選、效果預測及驗證工作的基礎上,開發了一套預測shRNA干擾潛能的算法,將其命名為shERWOOD,該算法驗證的shRNA序列均可保證較高的干擾效率。


權威算法預測干擾序列有效性

    shERWOOD算法是在對12組各包含25,000個shRNA序列的干擾潛能用sensor assay系統進行高通量同步評估的基礎上誕生的。其預測性能較之現有的siRNA預測算法(ie. DSIR)增加了180%,較其他shRNA預測算法的性能提高了126%。Gregory Hannon教授發表的文章中對shERWOOD算法預測文庫(transOMIC公司產品)、TRC文庫和H-E V3文庫的各27,000條shRNA進行了干擾潛能分析,使用shERWOOD算法預測的每一條shRNA干擾效率均在70%以上,干擾效果顯著優于其他文庫。 

           圖1:shERWOOD算法圖解



除了專利算法保證序列有效性,還有哪些設計保證高干擾效果呢?


低毒性的UltramiR表達框架

和優化的載體設計

    將shRNA有效序列嫁接在mir-30的雙尾結構表達框架下,這種模擬microRNA最初級轉錄本的shRNA表達模式可使得shRNA序列在內源性microRNA處理途徑的最早期進入整個過程,形成更多功能性的干擾RNA,毒性更低。很多文章已揭示該類型的shRNA設計可顯著改善由單純shRNA累計造成的細胞毒性。對傳統mir-30雙尾結構進行改造,可顯著增加shRNA序列被內源性 Drosha 酶識別和處理的效率。

    Greg教授對更高效地運載shRNA的ultramiR進行研究,將shERWOOD算法預測的海腎熒光素酶的Renilla shRNA和小鼠Rpa3 shRNA分別插入到傳統mir30架構與ultramiR架構中,然后,分別對其下游形成的成熟shRNA的水平進行測序,發現shRNA-ultramiR形成的下游成熟shRNA顯著多于shRNA-mir30的傳統表達模式。


?  病毒啟動子高效啟動 shRNA-ultramir 的表達 

?  嘌呤霉素篩選可獲得長期穩定沉默的細胞株

?  turboGFP 標簽可通過熒光觀測轉染效率 

?  多種啟動子可選,滿足您不同的實驗需求


transOMIC提供的RNAi產品

保證100%干擾效果

    與目前市面上主流的兩大家RNAi工具生廠商的產品進行對比發現,A品牌的TRC文庫的shRNA在不同基因中的干擾潛能是不穩定的,產品并沒有很好的均一性;B品牌的GIPZ文庫中的shRNA在不同基因中的干擾穩定性也不均一,個別基因甚至都沒有高效的shRNA產品;而基于shERWOOD算法預測的shRNA與ultramiR的完美結合可以保證在所有基因中的均一、穩定的干擾潛能。


產品形式包括:



?人、小鼠和部分大鼠的單個基因的干擾產品 

? 人類31個基因家族和通路、1個小鼠基因家族干擾產品套裝(提供96孔板形式或混合篩選形式供選擇)

? 表觀遺傳學相關基因家族干擾產品套裝(包含人類406個基因或小鼠311個基因) 

? 人類轉錄因子相關基因家族干擾產品套裝 

? transOMIC所有產品均提供序列信息,且可單獨購買空載體

基因有限公司作為TransOMIC品牌中國區獨家代理商,為您提供最完整的基因功能研究解決方案,除了RNAi系列產品,還包括基因編輯產品線、酵母突變體產品、過表達產品線以及轉染試劑等。基因有限公司的宗旨是“專才為專家服務”,有專業團隊為各大科研院所提供產品講座,技術支持,售后維護一條龍服務,贏得客戶的一致好評與信任。想要了解更多,請關注以下官方微信“基因快訊”或聯系您身邊的基因有限公司員工。

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